Коронавирусы

Коронавирусы – это семейство вирусов, вызывающих у людей лёгкие или умеренной тяжести заболевания верхних дыхательных путей. Существуют сотни видов коронавирусов, большая часть которых широко распространена только у животных, в особенности у летучих мышей (Banerjee et al. 2019).

Тем не менее, некоторые из видов способны вызвать недомогания в том числе и у людей. В 21 веке трижды возникали крупномасштабные вспышки заражений коронавирусом из-за передачи вирусов от животных к человеку. Это были коронавирусы тяжёлого острого респираторого синдрома SARS-CoV (2002–2004), ближневосточного респираторного синдрома MERS-CoV (c 2012-го), и новый штамм коронавируса, похожего на SARS-CoV – 2019-nCoV или SARS-CoV-2 (с декабря 2019-го). В этом посте мы делаем обзор наиболее цитируемых и самых новых научных публикаций на тему коронавирусов.

Для обзора мы выполнили систематический поиск литературы о коронавирусах в базе данных Web of Science и построили карты публикаций на основе их списков литературы. Ниже с помощью Рисунка 1 мы рассматриваем самые цитируемые публикации. На странице 2 показаны самые новые публикации (Рисунок 2). Близость на карте и принадлежность к одному кластеру на этих картах означают, что публикации ссылаются на одни и те же работы – а значит, есть вероятность, что в статьях поднимаются схожие темы. Карты выполнены в программе VOSviewer.

Самые цитируемые статьи

Наиболее цитируемые статьи дробятся на четыре кластера:

• цвета морской волны, слева сверху: SARS-CoV,
• фиолетовый, посередине: SARS-CoV и открытие новых коронавирусов,
• жёлтый, слева снизу: MERS-CoV, или hCoV-EMC,
• синий, справа: коронавирусы у животных.

Описание кластеров

Кластер цвета морской волны о коронавирусе SARS-CoV включает статьи о его происхождении, обнаружении и отличиях от других видов коронавирусов. Однако одна из наиболее цитируемых статей также посвящена и идентификации четвёртого обнаруженного коронавируса человека: hCoV-NL63.  

Фиолетовый кластер содержит работы о ряде коронавирусов, которые сравниваются с SARS-CoV. Например, здесь находятся публикации о другом штамме этого вируса – MERS-CoV, статьи ещё об одном коронавирусе человека CoV-HKU1, а также о коронавирусе летучих мышей bat-SARS-CoV. 

Жёлтый кластер полностью посвящён MERS-CoV (другое название – hCoV-EMC), коронавирусу, первые случаи заражения которым произошли в сентябре 2012-го. Публикации описывают основные симптомы заболевания, такие как жар, кашель и одышка, и его распространение. 

Синий кластер располагается значительно правее остальных, поскольку он посвящён коронавирусам, поражающим животных, в особенности свиней. Однако между ним и остальными кластерами располагается публикация Марко Марра (Marra et al. 2003) – одна из самых цитируемых не только в синем кластере, но и во всей карте. Её тесная связь со статьями по обе стороны сети, вероятно, обусловлена тем, что в ней говорится о заболеваниях коронавирусами и среди животных, и среди людей.

Библиография

Ключевые статьи

• Drosten, Christian, Stephan Günther, Wolfgang Preiser, Sylvie van der Werf, Hans-Reinhard Brodt, Stephan Becker, Holger Rabenau, Marcus Panning, Larissa Kolesnikova, Ron A. M. Fouchier, Annemarie Berger, Ana-Maria Burguière, Jindrich Cinatl, Markus Eickmann, Nicolas Escriou, Klaus Grywna, Stefanie Kramme, Jean-Claude Manuguerra, Stefanie Müller, Volker Rickerts, Martin Stürmer, Simon Vieth, Hans-Dieter Klenk, Albert D. M. E. Osterhaus, Herbert Schmitz, and Hans Wilhelm Doerr. 2003. “Identification of a Novel Coronavirus in Patients with Severe Acute Respiratory Syndrome.” New England Journal of Medicine 348(20):1967–76.
• Marra, Marco A., Steven J. M. Jones, Caroline R. Astell, Robert A. Holt, Angela Brooks-Wilson, Yaron S. N. Butterfield, Jaswinder Khattra, Jennifer K. Asano, Sarah A. Barber, Susanna Y. Chan, Alison Cloutier, Shaun M. Coughlin, Doug Freeman, Noreen Girn, Obi L. Griffith, Stephen R. Leach, Michael Mayo, Helen McDonald, Stephen B. Montgomery, Pawan K. Pandoh, Anca S. Petrescu, A. Gordon Robertson, Jacqueline E. Schein, Asim Siddiqui, Duane E. Smailus, Jeff M. Stott, George S. Yang, Francis Plummer, Anton Andonov, Harvey Artsob, Nathalie Bastien, Kathy Bernard, Timothy F. Booth, Donnie Bowness, Martin Czub, Michael Drebot, Lisa Fernando, Ramon Flick, Michael Garbutt, Michael Gray, Allen Grolla, Steven Jones, Heinz Feldmann, Adrienne Meyers, Amin Kabani, Yan Li, Susan Normand, Ute Stroher, Graham A. Tipples, Shaun Tyler, Robert Vogrig, Diane Ward, Brynn Watson, Robert C. Brunham, Mel Krajden, Martin Petric, Danuta M. Skowronski, Chris Upton, and Rachel L. Roper. 2003. ‘The Genome Sequence of the SARS-Associated Coronavirus’. Science 300(5624):1399–1404.
• Rota, Paul A., M. Steven Oberste, Stephan S. Monroe, W. Allan Nix, Ray Campagnoli, Joseph P. Icenogle, Silvia Peñaranda, Bettina Bankamp, Kaija Maher, Min-hsin Chen, Suxiong Tong, Azaibi Tamin, Luis Lowe, Michael Frace, Joseph L. DeRisi, Qi Chen, David Wang, Dean D. Erdman, Teresa C. T. Peret, Cara Burns, Thomas G. Ksiazek, Pierre E. Rollin, Anthony Sanchez, Stephanie Liffick, Brian Holloway, Josef Limor, Karen McCaustland, Melissa Olsen-Rasmussen, Ron Fouchier, Stephan Günther, Albert D. M. E. Osterhaus, Christian Drosten, Mark A. Pallansch, Larry J. Anderson, and William J. Bellini. 2003. ‘Characterization of a Novel Coronavirus Associated with Severe Acute Respiratory Syndrome’. Science 300(5624):1394–99.
• Zaki, Ali M., Sander van Boheemen, Theo M. Bestebroer, Albert D. M. E. Osterhaus, and Ron A. M. Fouchier. 2012. ‘Isolation of a Novel Coronavirus from a Man with Pneumonia in Saudi Arabia’. New England Journal of Medicine 367(19):1814–20.2

Общие обзоры

• Calisher, Charles H., James E. Childs, Hume E. Field, Kathryn V. Holmes, and Tony Schountz. 2006. “Bats: Important Reservoir Hosts of Emerging Viruses.” Clinical Microbiology Reviews 19(3):531–45.
• Cheng, Vincent C. C., Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo, and Kwok Yung Yuen. 2007. “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus as an Agent of Emerging and Reemerging Infection.” Clinical Microbiology Reviews 20(4):660–94.
• Fraser, Christophe, Steven Riley, Roy M. Anderson, and Neil M. Ferguson. 2004. “Factors That Make an Infectious Disease Outbreak Controllable.” Proceedings of the National Academy of Sciences 101(16):6146–51.
• Peiris, Joseph S. M., Kwok Y. Yuen, Albert D. M. E. Osterhaus, and Klaus Stöhr. 2003. “The Severe Acute Respiratory Syndrome.” New England Journal of Medicine 349(25):2431–41.
• Perlman, Stanley, and Jason Netland. 2009. “Coronaviruses Post-SARS: Update on Replication and Pathogenesis.” Nature Reviews Microbiology 7(6):439–50.

Кластер цвета морской волны: SARS-CoV

• Anand, Kanchan, John Ziebuhr, Parvesh Wadhwani, Jeroen R. Mesters, and Rolf Hilgenfeld. 2003. ‘Coronavirus Main Proteinase (3CLpro) Structure: Basis for Design of Anti-SARS Drugs’. Science 300(5626):1763–67.
• Guan, Y., B. J. Zheng, Y. Q. He, X. L. Liu, Z. X. Zhuang, C. L. Cheung, S. W. Luo, P. H. Li, L. J. Zhang, Y. J. Guan, K. M. Butt, K. L. Wong, K. W. Chan, W. Lim, K. F. Shortridge, K. Y. Yuen, J. S. M. Peiris, and L. L. M. Poon. 2003. ‘Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China’. Science 302(5643):276–78.
• Kuiken, Thijs, Ron AM Fouchier, Martin Schutten, Guus F. Rimmelzwaan, Geert van Amerongen, Debby van Riel, Jon D. Laman, Ton de Jong, Gerard van Doornum, Wilina Lim, Ai Ee Ling, Paul KS Chan, John S. Tam, Maria C. Zambon, Robin Gopal, Christian Drosten, Sylvie van der Werf, Nicolas Escriou, Jean-Claude Manuguerra, Klaus Stöhr, J. S. Malik Peiris, and Albert DME Osterhaus. 2003. ‘Newly Discovered Coronavirus as the Primary Cause of Severe Acute Respiratory Syndrome’. The Lancet 362(9380):263–70.
• Li, Wendong, Zhengli Shi, Meng Yu, Wuze Ren, Craig Smith, Jonathan H. Epstein, Hanzhong Wang, Gary Crameri, Zhihong Hu, Huajun Zhang, Jianhong Zhang, Jennifer McEachern, Hume Field, Peter Daszak, Bryan T. Eaton, Shuyi Zhang, and Lin-Fa Wang. 2005. ‘Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses’. Science 310(5748):676–79.
• Riley, Steven, Christophe Fraser, Christl A. Donnelly, Azra C. Ghani, Laith J. Abu-Raddad, Anthony J. Hedley, Gabriel M. Leung, Lai-Ming Ho, Tai-Hing Lam, Thuan Q. Thach, Patsy Chau, King-Pan Chan, Su-Vui Lo, Pak-Yin Leung, Thomas Tsang, William Ho, Koon-Hung Lee, Edith M. C. Lau, Neil M. Ferguson, and Roy M. Anderson. 2003. “Transmission Dynamics of the Etiological Agent of SARS in Hong Kong: Impact of Public Health Interventions.” Science 300(5627):1961–66.
• van der Hoek, Lia, Krzysztof Pyrc, Maarten F. Jebbink, Wilma Vermeulen-Oost, Ron J. M. Berkhout, Katja C. Wolthers, Pauline M. E. Wertheim-van Dillen, Jos Kaandorp, Joke Spaargaren, and Ben Berkhout. 2004. ‘Identification of a New Human Coronavirus’. Nature Medicine 10(4):368–73.

Фиолетовый кластер: SARS-CoV и новые коронавирусы

• Knoops, Kèvin, Marjolein Kikkert, Sjoerd H. E. van den Worm, Jessika C. Zevenhoven-Dobbe, Yvonne van der Meer, Abraham J. Koster, A. Mieke Mommaas, and Eric J. Snijder. 2008. “SARS-Coronavirus Replication Is Supported by a Reticulovesicular Network of Modified Endoplasmic Reticulum” edited by M. Emerman. PLoS Biology 6(9):e226.
• Lau, Susanna K. P., P. C. Y. Woo, K. S. M. Li, Y. Huang, H. W. Tsoi, B. H. L. Wong, S. S. Y. Wong, S. Y. Leung, K. H. Chan, and K. Y. Yuen. 2005. “Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-like Virus in Chinese Horseshoe Bats.” Proceedings of the National Academy of Sciences 102(39):14040–45.
• Snijder, Eric J., Peter J. Bredenbeek, Jessika C. Dobbe, Volker Thiel, John Ziebuhr, Leo L. M. Poon, Yi Guan, Mikhail Rozanov, Willy J. M. Spaan, and Alexander E. Gorbalenya. 2003. “Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-Coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage.” Journal of Molecular Biology 331(5):991–1004.
• van Boheemen, Sander, Miranda de Graaf, Chris Lauber, Theo M. Bestebroer, V. Stalin Raj, Ali Moh Zaki, Albert D. M. E. Osterhaus, Bart L. Haagmans, Alexander E. Gorbalenya, Eric J. Snijder, and Ron A. M. Fouchier. 2012. ‘Genomic Characterization of a Newly Discovered Coronavirus Associated with Acute Respiratory Distress Syndrome in Humans’. MBio 3(6).
• Woo, Patrick C. Y., Susanna K. P. Lau, Chung-ming Chu, Kwok-hung Chan, Hoi-wah Tsoi, Yi Huang, Beatrice H. L. Wong, Rosana W. S. Poon, James J. Cai, Wei-kwang Luk, Leo L. M. Poon, Samson S. Y. Wong, Yi Guan, J. S. Malik Peiris, and Kwok-yung Yuen. 2005. ‘Characterization and Complete Genome Sequence of a Novel Coronavirus, Coronavirus HKU1, from Patients with Pneumonia’. Journal of Virology 79(2):884–95.

Жёлтый кластер: MERS-CoV и hCoV-EMC

• Assiri, Abdullah, Jaffar A. Al-Tawfiq, Abdullah A. Al-Rabeeah, Fahad A. Al-Rabiah, Sami Al-Hajjar, Ali Al-Barrak, Hesham Flemban, Wafa N. Al-Nassir, Hanan H. Balkhy, Rafat F. Al-Hakeem, Hatem Q. Makhdoom, Alimuddin I. Zumla, and Ziad A. Memish. 2013. “Epidemiological, Demographic, and Clinical Characteristics of 47 Cases of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Disease from Saudi Arabia: A Descriptive Study.” The Lancet Infectious Diseases 13(9):752–61.
• Azhar, Esam I., Sherif A. El-Kafrawy, Suha A. Farraj, Ahmed M. Hassan, Muneera S. Al-Saeed, Anwar M. Hashem, and Tariq A. Madani. 2014. “Evidence for Camel-to-Human Transmission of MERS Coronavirus.” New England Journal of Medicine.
• Raj, V. Stalin, Huihui Mou, Saskia L. Smits, Dick H. W. Dekkers, Marcel A. Müller, Ronald Dijkman, Doreen Muth, Jeroen A. A. Demmers, Ali Zaki, Ron A. M. Fouchier, Volker Thiel, Christian Drosten, Peter J. M. Rottier, Albert D. M. E. Osterhaus, Berend Jan Bosch, and Bart L. Haagmans. 2013. ‘Dipeptidyl Peptidase 4 Is a Functional Receptor for the Emerging Human Coronavirus-EMC’. Nature 495(7440):251–54.
• Reusken, Chantal BEM, Bart L. Haagmans, Marcel A. Müller, Carlos Gutierrez, Gert-Jan Godeke, Benjamin Meyer, Doreen Muth, V. Stalin Raj, Laura Smits-De Vries, Victor M. Corman, Jan-Felix Drexler, Saskia L. Smits, Yasmin E. El Tahir, Rita De Sousa, Janko van Beek, Norbert Nowotny, Kees van Maanen, Ezequiel Hidalgo-Hermoso, Berend-Jan Bosch, Peter Rottier, Albert Osterhaus, Christian Gortázar-Schmidt, Christian Drosten, and Marion PG Koopmans. 2013. ‘Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Neutralising Serum Antibodies in Dromedary Camels: A Comparative Serological Study’. The Lancet Infectious Diseases 13(10):859–66.

Синий кластер: коронавирусы у животных

• Martina, Byron E. E., Bart L. Haagmans, Thijs Kuiken, Ron A. M. Fouchier, Guus F. Rimmelzwaan, Geert van Amerongen, J. S. Malik Peiris, Wilina Lim, and Albert D. M. E. Osterhaus. 2003. “SARS Virus Infection of Cats and Ferrets.” Nature 425(6961):915–915.
• Pensaert, M. B., and P. de Bouck. 1978. “A New Coronavirus-like Particle Associated with Diarrhea in Swine.” Archives of Virology 58(3):243–47.
• Song, Daesub, and Bongkyun Park. 2012. ‘Porcine Epidemic Diarrhoea Virus: A Comprehensive Review of Molecular Epidemiology, Diagnosis, and Vaccines’. Virus Genes 44(2):167–75.

Перейдите на страницу 2, чтобы продолжить чтение про самые новые статьи о коронавирусах.