Над материалом работали Полина Рогачева, Алла Лосева
Энзоотические инфекции – это вирусы и вызванные ими болезни, которые поражают популяции животных в определённом районе, сезоне и климате, проявляясь с постоянной, относительно высокой частотой. Например, это вирус гриппа в локальных популяциях свиней, птиц и комаров.
Мы обратились к статьям, посвящённым энзоотическим инфекциям. Для обзора мы выполнили систематический поиск литературы в базе данных Scopus и построили карту публикаций на основе их списков литературы (см. Рисунок 1). Близость на карте и принадлежность к одному кластеру на этой карте означают, что публикации ссылаются на одни и те же работы – а значит, есть вероятность, что в статьях поднимаются схожие темы. Карта выполнена в программе VOSviewer.
Публикации дробятся на семь кластеров:
- цвета морской волны, слева вверху: эпидемиология и жизненный цикл вирусов среди животных,
- фиолетовый, по центру: передача вирусов от животных человеку,
- жёлтый, справа внизу: генетические модификации,
- синий, справа по центру и вверху: болезни и инфекции свиней,
- оранжевый, слева внизу: арбовирусы и вирус Чикунгунья,
- голубой, слева внизу: вирус лихорадки Западного Нила,
- серый, вверху: ретровирусы.
Цвет присвоен узлам в соответствии с автоматически выделенными кластерами. Связи означают, что в библиографиях публикаций есть одинаковые документы. Близость на карте и принадлежность к одному кластеру отражают вероятность, что в работах поднимаются схожие темы. Размер узла соответствует количеству цитирования публикации по данным Scopus. На карте отображены только связанные друг с другом документы (N = 1516). Кликните на рисунок, чтобы смотреть в полном размере (открывается в том же окне)
Описание кластеров
В описании кластеров мы приводим как наиболее заметные на карте работы, так и популярные в последнее время исследования.
Кластер цвета морской волны: эпидемиология и жизненные циклы вирусов
В этом кластере находятся публикации об эпидемиологии энзоотических инфекций, их распространении и возможных последствиях. Например, как показывают Coura and Dias (2009), в тропических условиях некоторые болезни передаются через клопов – особенно это характерно для развивающихся стран.
Статьи кластера также описывают генетику и молекулярную структуру энзоотических вирусов и их жизненный цикл. Так, работа Caimano et al. (2007) и обзор Radolf et al. (2012) объясняют, как вирус клещевого боррелиоза адаптируется к организму своего носителя. Schoeman and Fielding (2019) делают обзор про оболочку коронавирусов и показывают, что она играет важную роль в размножении вируса в заражённом организме. Другие публикации посвящены происхождению, характеристикам, способам и мерам профилактики энзоотических вирусов.
Фиолетовый кластер: передача вирусов от животных человеку
Кластер содержит работы о путях передачи энзоотических болезней человеку. Центральная и наиболее цитируемая статья кластера появилась в период пандемии свиного гриппа 2009 года и обсуждает предположение, что в организмах свиней смешивается генетический материал вирусов гриппа птиц, свиней и человека. Публикация описывает как раз такие «гибридные» вирусы свиного гриппа A (H1), которые стали энзоотическими в Северной Америке в конце 1990-х годов и передавались людям (Shinde et al. 2009). В большинстве публикаций упоминаются пути передачи энзоотических вирусов человеку также от свиней (с пищей) от комаров (через кровь).
Жёлтый кластер: генетические модификации
Кластер содержит работы по генетическому разнообразию вирусов, выявлению новых штаммов, а также клеточным процессам, которые вызваны вирусом в организме. Например, Kincaid, Burke, and Sullivan (2012) обсуждают вирус бычьего лейкоза и объясняют, как характерные для него генетические особенности приводят к возникновению опухоли.
Синий кластер: болезни и инфекции свиней
Кластер указывает на всё, что связано с болезнями свиней. Так, Stärk (2000) делает обзор факторов риска, приводящих к возникновению респираторных заболеваний у свиней. Описаны также первичные возбудители энзоотических инфекций, которые встречаются во всём мире и наносят серьёзный экономический ущерб свиноводству (Maes et al. 2008).
Оранжевый кластер: арбовирусы и вирус Чикунгунья
Арбовирусы поражают членистоногих и переносятся от них диким животным и птицам. От них, в свою очередь, инфекция часто передаётся скоту и людям, что вызывает обширные эпидемии в тропических городских центрах (Weaver et al. 2018; Weaver and Reisen 2010). Возникают и более глобальные последствия локальных арбовирусов. Некоторые вирусы успешно контролируются в местах своего возникновения, но из-за перемещений людей начинают разноситься в другие места и вызывают там эпидемии. Так распространились, например, вирус лихорадки Западного Нила (Gubler 2001) и вирус Зика (Atif et al. 2016).
Один из арбовирусов, Чикунгунья, передаётся человеку от инфицированных комаров. Вызванная им болезнь проходит с высокой температурой и сильной болью в суставах. Считается, что вирус является энзоотическим в большей части Африки, и исторические свидетельства указывают на то, что он распространился в другие части мира именно из этого региона (Powers et al. 2000; Powers and Logue 2007).
Голубой кластер: вирус лихорадки Западного Нила
Кластер полностью посвящён вирусу лихорадки Западного Нила, который распространился из тропических регионов по миру. В Северную Америку он, вероятно, был завезён туристическими или торговыми рейсами, и первые случаи заболевания были обнаружены в Нью-Йорке в 1999 году (Petersen and Marfin 2002). На 2005 год вирус уже вызвал в США более 10,000 случаев тяжёлых заболеваний и 400 смертей у людей, а также тысячи смертельных инфекций лошадей (Turell et al. 2005). Вызванные им эпидемии отчасти связаны с тем, что комары-переносчики, которые обычно питаются кровью птиц, по ряду причин иногда переключаются на человека (Kilpatrick et al. 2006).
Серый кластер: ретровирусы
Ретровирусы ассоциируются с целым рядом заболеваний, в том числе со многими злокачественными новообразованиями и иммунодефицитными заболеваниями. Так, в статье Maeda, Fan, and Yoshikai (2008) даётся обзор того, как ретровирусы приводят к образованию раковых опухолей.
Интересно, что некоторые ретровирусы в ходе эволюции укореняются в организме носителей: их геном входит в ДНК носителей и передаётся из поколения в поколение. Такие ретровирусы называются эндогенными и в ряде случаев защищают организм от внешних ретровирусных инфекций. Совместная эволюция ретровирусов и организма их носителей и взаимная адаптация эндогенных и внешних ретровирусов описывается в работе Arnaud et al. (2007) на примере овец.
Источник данных: база данных научного цитирования Scopus. Мы искали по заголовкам, аннотациям и ключевым словам публикаций термины enzootic infection. В результате поиска было получено около 4000 публикаций, из которых были отобраны 2000 наиболее цитируемых.
Поисковой запрос:
TITLE-ABS-KEY ( enzootic* AND *virus* OR *infect* OR strain )